La plupart des Japonais ne croient pas en une religion particulière et unique bien qu’un certain nombre d’entre eux se soient convertis au christianisme à la suite de l’arrivée du jésuite espagnol saint François Xavier en 1549. Les Japonais sont profondément animistes, de nombreuses amulettes, utilisées tant à la maison qu’en voyage, en attestent. Leur pratique est chamanique au travers du shintoïsme, les autres religions n’étant qu’une appropriation animiste des dieux d’autres lieux dans leur panthéon personnel ou collectif. Cependant, nombreux sont les Japonais, particulièrement au sein de la jeune génération, qui sont opposés aux religions pour des raisons historiques et en raison du développement de la science. Pendant la Seconde Guerre mondiale, il fut exigé du peuple japonais de participer aux cérémonies shintoïstes et les activités des autres religions furent limitées. Ce shintoïsme d'État fut indissociable du nationalisme nippon qui prônait une élimination pure et simple des apports, pourtant anciens, du bouddhisme et enfin du christianisme apporté par les missionnaires portugais. Beaucoup d’autres ont su garder une vision plus apaisée de la religion et en « utilisent » plusieurs dans leur vie. Ainsi, une même personne peut aller invoquer les dieux au sanctuaire shintoïste à l’occasion du Nouvel An et tenter d’attirer leur attention avant les examens d’entrée à l’école ou à l’université. Raisonnant de manière confucianiste, elle souhaitera parfois un mariage à l’occidentale dans une église chrétienne après une cérémonie plus traditionnelle et aura des funérailles dans un temple bouddhiste. Au début du XVII^e siècle et après une période de relative tolérance, le christianisme fut interdit puis pourchassé jusqu’à une quasi-clandestinité des chrétiens du pays, mis à part sur l’île de Kyūshū, notamment à Nagasaki, ainsi que dans la moitié sud du Japon, où les chrétiens sont plus nombreux.

La plupart des Japonais ont une vision neutre de la religion et en pratiquent plusieurs dans leur vie, généralement le shintoïsme et le bouddhisme. Ainsi, en 2005, selon l'Agence pour les affaires culturelles du Ministère de l'éducation, la culture, des sports, des sciences et des technologies japonais, on comptabilisait :

-107 millions de shintoïstes (84 % de la population) ;
-91 millions de bouddhistes (71 % de la population) ;près de 3 millions de chrétiens
-(2 % de la population) ;
-autres religions : 10 millions de Japonais (8 % de la population).

En 2010, le centre islamique du Japon estimait à 100 000 le nombre de musulmans dans le pays. Seuls 10 % d'entre eux seraient Japonais. Un certain nombre de nouvelles religions ou sectes, dont la Sōka Gakkai et ses six millions de membres, qui se sont établies juste avant ou à la suite de la Seconde Guerre mondiale occupent une place importante au Japon.